В июне 2012 года в результате мониторинга средств массовой информации Управлением Роскомнадзора по Республике Татарстан были выявлены нарушения в деятельности редакции журнала «Библиотека Непрерывного Экологического Образования».

Установлено, что в нарушение Федерального закона «Об обязательном экземпляре документов» обязательные экземпляры журналов в ФГБУН «Российская Книжная Палата» и в Федеральное агентство по печати и массовым коммуникациям редакцией журнала не направляются. По данному факту в отношении учредителя и главного редактора Управлением был составлен протокол об административном правонарушении по ст. 13.23 КоАП РФ и направлен на рассмотрение мировому судье Республики Татарстан.

По результатам рассмотрения протокола мировым судьей должностное лицо журнала «Библиотека Непрерывного Экологического Образования» было признано виновным в совершении указанного правонарушения. Учредитель и главный редактор издания привлечен к административной ответственности с назначением наказания в виде штрафа в размере 1000 рублей.